提要：了解你所需要控制的化学污染还只是预防和控制分子污染的第一步。最好的AMC控制系统是具有前瞻性的。
企业应当应用适合的技术，比如化学过滤或超高纯净化气体，采取实际时间监控技术来鉴别污染可能对产品或设备有损害的级别。
在洁净室中，污染可能来自于洁净室工厂本身、湿的工作台、操作工序、人员、有机物、运输工具或微环境，也可能来自于工序和清洁中所使用的化学物品和溶剂。
周围的环境也可能对其产生影响。如果室外AMC的浓度很高，也可能会影响半导体的制作工艺。室外空气中的臭氧、硫化物、硝酸盐以及有机挥发物（VOCs）对无尘室会产生影响。在城市中，汽车尾气排放物或燃气中含有大量的硫化物；在海边，空气中含有大量的氯化物和硼酸盐；在农业区，可能含有氨水或胺基化物。AMC也可能对原材料、生产工艺、终端产品、制造和生产设备产生影响。
对这些污染的解决分为几种形式，但它们通常都需要另外加设HEPA过滤器。HEPA和ULPA过滤器尽管能过滤带大部分尘粒，但它们对过滤掉氨化物、臭氧、硫化物和氨基化物等分子污染却起不了作用，还有一些分子污染是尘粒计数器所检测不到的。在无尘室的污染控制中，化学污染的检测比其它污染的控制更为复杂。目前对无尘室湿度、尘粒、电的控制已经有很好的解决办法，但化学污染的控制仍然是个“黑箱子”。
尽管无尘室的化学污染控制很复杂，为提高产品优率，工厂管理者已经开始认识并采取措施加以控制这个问题。一些亚微型的生产工序中受到分子污染的影响正在增加，而且影响很严重。
无尘室空气中的有机化合物会对产生很多问题，比如晶片不均匀、晶片薄雾、光刻等缺陷。而且，空气中氨化物和挥发性成份也会使光刻胶老化，硼酸盐会产生杂质。
在过去的5年里，无尘室使用者们对氨化物的控制做出了很大的进步，但对其它的，比如硫酸盐、盐酸、氢氟酸等改进很小。
在对于每种化学污染对工艺工序的影响上，很多无尘室的管理者往往很难去区别和去除这些化学污染物。有些人知道的环境中有氨化物，他们就去除氨化物。但空气中可能也还含有其它的物质会对产品或氨化物的控制有影响。如果你只是只除了第一步污染，你可能就没有解决整个问题，或者是氨化物的控制解决方法会被环境中的其它污染所影响。如果不注意的话，环境的污染可能会使化学过滤器的寿命降低半年甚至是3年。因此，你所想的应该超越你所看到的。
为了做了分子污染控制，管理者们应了解无尘室内的所有物品对工艺产生的潜在影响，作好监控和去除污染的严密的控制系统。