一、根据用途不同可分为两类
1．工业洁净室
主要控制无生命微粒对工作对象的污染，其内部一般保持正压。它适用于精密工业
（精密轴承等）和化学工业（高纯度）等。
2．生物洁净室
以有生命的微粒为控制对象，又可分为以下两类：
（1）一般生物洁净室主要控制有生命微粒对工作对象的污染，同时内部材料要经受各种灭菌剂侵蚀，内部一般保持正压。实质上这是一种结构和材料允许作灭菌处理的工业洁净室，可用于制药工业（高纯度、无菌制剂）、食品工业（防止变质、生霉）、医疗设施（手术室、各种制剂室、调剂室）、动物实验设施（无菌动物饲养）和研究实验设施（理化、洁净实验室）等。
（2）生物学安全洁净室主要控制工作对象的有生命微粒对外界和人的污染，内部需保持负压。用于研究实验设施（细菌学生物学洁净实验室）和生物工程（重组基因、疫苗制备）。
二、按气流流型分类
气流流型就是气流轨迹的形式，按此可做以下分类：
1．单向流洁净室
单向流，就是流向单一，速度均匀，没有涡流的气流流动。过去称为层流。有垂直单向流和水平单向流两种。气流以均匀的截面速度，沿着平行流线以单一方向在整个洁净室工作区（一般定义为距地o．7一1. 5m的空间）的横截面上通过的洁净室。单向流洁净室靠送风气流“活塞”般的挤压作用，迅速把室内污染排出。
（1）水平单向流水平式空气自过滤器单方向吹出，由对面墙壁的回风系统回风，尘埃随风排出室外（如图6 -1），一般在下流侧污染较严重。为克服尘粒中途沉降，断面风速不得小于0. 35m/s，换气次数约为300—500次／h。水平单向流构造简单，运转后短时间内即可变成稳定。但建造费用高，室内空间不易扩充。
（2）垂直单向流房间天花板完全以高效过滤器覆盖，地板全部做出回风口，空气由上往下吹（如图6 -2）。在制作过程中或工作人员所产生的尘埃可快速排出室外而不会影响其他工作区域，可得较高的洁净度。垂直层流的端面风速在0. 25．n/s以上，以克服空气对流，换气次数载400次／h左右。这种方式管理容易，运转开始短时间内即可达稳定状态，不易被作业状态或作业人员所影响。但构造费用较高，弹性运用空间困难，天花板的吊架相当占空间，维修更换过滤器较麻烦。
2. 非单向流洁净室
也称乱流洁净室，就是气流方向多变、速度不匀、伴有涡流的气流流动，习惯称为乱流。乱流洁净室靠送风气流不断稀释室内空气，把室内污染逐渐排出，达到平衡。要想保证稀释作用很好实现，最重要的一点是室内气流扩散得越快越均匀越好。室内洁净度与送回风的布置形式有关。表示乱流洁净室多种送回风布置形式。散流器顶送双侧下回形式适用于有空调恒温要求的洁净室；局部孔板顶送双侧下回形式适用于换气次数大的有空调恒温要求的洁净室；同侧送风同侧下回形式洁净度不如顶送形式，适用于无顶棚空间的洁净室。
乱流方式由于受到送风口形式和布置的限制，不可能使室内获得很大的换气次数（相对于单向流来说），且不可避免地存在室内涡流，因而室内洁净度仅能达到10 000级~ 300 000级的水平。一般认为，a、b形式可达到10 000级，c形式只能达到100 000级~ 300 000级。
非单向流洁净室构造简单、系统建造成本低，洁净室的扩充比较容易，在某些特殊用途场所，可并用为无尘工作台，提高洁净室的等级。但烈囊蔬造成的微尘粒子于室内空间飘浮不易排出，易污染产品。另外若系统停止运转再激活，欲达需求的洁净度，往往须耗时相当长一段时间。
3.矢流洁净室
也称辐流洁净室，也称矢流，径流，是一种新型的气流组织方式，风口出流为辐射状不交叉的气流流动，流线不交叉但也不平行。气流是采用弧形送风口形式，侧上角送风，对侧下角回风（如图6 -4）。它的净化功能不同于乱流方式的稀释作用，也不同于层流方式流线平行的活塞作用，而是靠流线不交叉气流的推动作用，将室内尘粒排出室外，可以达到100级洁净度，缺点是气流在遇到障碍物后会形成涡流。
4.混合流洁净室
混合流就是在整个洁净室内既有乱流又有单向流两种不应互扰的气流流动的总称。它不是一种独立的气流流型。
（1）洁净隧道 以空气过滤器将制程区域或工作区域100 010覆盖使洁净度等级提高至10级以上，可节省安装运转费用。此形式需将作业人员的工作区与产品和机器维修予以隔离，以避免机器维修时，影响工作及产品品质。洁净隧道的优点：弹性扩充容易，维修设备时可在维修区轻易执行。
（2）洁净管道将产品流程经过的自动生产线包围并净化处理，将洁净度等级提至100级以上。因产品和作业员及发尘环境相互隔离，少量的送风即可得到良好的洁净度，可节省能源，不需人工的自动化生产线为最适宜使用。
（3）并装局部洁净室将洁净室为10 000级N100 000级的乱流洁净室内的产品制程区的洁净度等级提高为10级N1000级以上，作为生产用；洁净工作台、洁净工作棚、洁净风柜即属此类。洁净工作台：等级为l级~ 100级。洁净工作棚：在乱流式的洁净室空间内，以防静电的透明塑料布围成一小空间，采用独立的高效过滤器及空调送风机组而成为较高级别的洁净空间，其等级为10级~1000级，高度在2.5m左右，覆盖面积为lOrri2以下，四支支柱并加装活动轮，可弹性运用。